Niezależnie od nowelizacji ustawy o warunkach zdrowotnych, pod koniec czerwca 2005 Główny Inspektorat Sanitarny udostępnił do konsultacji projekt ustawy o bezpieczeństwie żywności i żywienia mającej zastąpić obowiązującą ustawę o warunkach zdrowotnych żywności i żywienia, oraz umożliwić wprowadzenie w Polsce pakietu unijnych rozporządzeń w sprawie higieny, który ma obowiązywać od 1 stycznia 2006.

Projektodawcy nie spodziewali się chyba tak zmasowanej fali krytyki, zarówno ze strony innych ministerstw, jak i reprezentacji przemysłu. PFPŻ dokonała szczegółowej analizy projektu, zwracając w swym stanowisku uwagę zarówno na kwestie ogólne, jak problemy merytoryczne, a wreszcie techniczne szczegóły proponowanych przepisów. Podobnie jak 16-krotnie nowelizowana ustawa o warunkach zdrowotnych z 2001 roku, nowa ustawa w swym pierwszym projekcie oparta była na szkielecie pierwszej ustawy o warunkach zdrowotnych z 1970 roku, w związku z czym powiela jej liczne mankamenty. Najpoważniejsze spośród nich to:

• niejasności w obszarze definicji
• brak uporządkowania w zakresie poszczególnych zagadnień
• nieczytelność.

Wiele spośród uwag zgłoszonych przez PFPŻ do pierwszej wersji projektu zostało uwzględnionych przez GIS w drugiej wersji skierowanej do zaopiniowania we wrześniu, podobnie jak jej układ - całkowicie przebudowany i uporządkowany. PFPŻ popiera taki kierunek. Federacja z dużą uwagą prześledzia wszystkie zmiany i opracowała zaktualizowaną wersję stanowiska, skierowaną do GIS 12 października 2005